航天飞行器技术系的学科-飞行器设计，隶属北航跨院系的全国“双一流”重点学科——航空宇航科学与技术。该学科在最近一次全国学科评估中不仅在同一学科中名列前茅，而且也列航空宇航科学与技术一级学科（下设飞行器设计，航空宇航推进理论与工程，航空宇航制造工程及人机与环境工程4个二级学科）前茅。

航天智能科学与技术系的学科建设以国家级重点学科“控制科学与工程”与“航空宇航科学与技术”为双基石，通过深度交叉融合“导航、制导与控制”、“模式识别与智能系统”优势二级学科，聚焦“宽域飞行智能控制与信息处理”学科方向，构建面向智能航天未来的新型交叉学科体系。

宇航推进系所属“航空宇航科学与技术”一级学科，国内最早拥有该一级学科博士学位授予权。在2007年1月国家重点学科考核评估中被认定为国家重点一级学科，一直在全国排名第一。宇航推进系所属二级学科为“航空宇航推进理论与工程”，该学科1988年被国家教委评为国家重点二级学科，在历次教育部组织的学科评比中，始终排名第一，拥有博士、硕士学位授予权。宇航推进系于2007年获批建设国家紧缺二级学科“电推进技术”。