控制科学与工程学科1981年获批全国首批博士学位授权点，2007年被评为国家重点一级学科，入选国家首批“双一流”建设学科，第5轮学科评估结果为A。学科拥有5个二级学科。学科以航空、航天飞行器为主要背景，兼顾国民经济等领域重大需求，坚持原创性基础研究、创新性技术突破和重大工程应用相互支撑、协调并重的原则，在空天仿生智能、集群智能控制、工业互联网主要学科方向上，产生了一批对国家重大工程建设和控制学科发展具有重大影响的科研成果。

机械电子工程学科创建于1960年，1981年被批准为硕士点，1986年被批准为博士点，2007年评为国家重点学科，是航空类院校最早设立的具有航空航天特色的学科。机械电子工程学科基础雄厚，航空航天特色明显，在机载电液系统与装备、先进舵机及其控制系统、液压系统健康管理等领域，取得了一系列创新成果，处于国内领先水平。