数学交叉国际研究中心下设两个实验室，中法数学实验室和暗物质精准智能教育部国际合作联合实验室。

中法数学实验室通过引进以法国数学家为主的国际高端人才和具有国际竞争力的青年学术人才组建科研团队，开展面向世界科技前沿的基础数学研究与面向国家重大需求的应用数学研究，推动产出一批基础数学原创成果，促进应用数学学科交叉创新引领作用。

暗物质精准智能教育部国际合作联合实验室2023年获批教育部国际合作联合实验室，围绕暗物质本质等世界科技前沿问题，开展暗物质智能的数学机理、内嵌数理特征的智能计算方法、复杂系统行为智能分析与预测、高能物理实验物理分析及计算等领域的研究。